Как и при любом хирургическом вмешательстве, существуют риски и возможные осложнения, связанные с перкутанной нефролитотомией.
Кровотечение: потеря крови во время перкутанной нефролитотомии, как правило, минимальна, а риск переливания крови колеблется от 2%до 12% в зависимости от размера удаляемого камня, его местоположения и количества доступов.
Инфекционно-воспалительные осложнения: бактерии находящиеся в камне, могут привести к инфекции мочевых путей, а в некоторых случаях, что случается очень редко, к развитию сепсиса во время или после операции. Для минимизации этого осложнения посев мочи перед операцией должен быть стерильным, перед началом операции внутривенно вводится антибактериальный препарат в профилактических целях.
Травма и повреждение близлежащих органов: очень редко возможно повреждение окружающих почку органов во время операции, таких как тонкий кишечник, толстый кишечник, кровеносные сосуды, селезенка, печень, плевра, легкие. Возможна также миграция стента или проводника в нижнюю полую вену, что требует дополнительных вмешательств. Повреждения сосудов почки, способные привести к потере почки, встречаются крайне редко. Повреждения и перфорация в области соединения мочеточника и лоханки почки может привести в будущем к образованию рубцов, препятствующих оттоку мочи. Это также может потребовать дополнительной операции.
Во избежание такого рода осложнений используется тщательная предоперационная оценка расположения близлежащих органов по данным компьютерной томографии, а во время операции используется контроль с помощью рентгеноскопии и УЗИ.
Неполное удаление камня: в некоторых случаях, несмотря на использование нескольких доступов в почку, использования гибких инструментов, не удается полностью удалить камень и все фрагменты. Для удаления оставшихся фрагментов может потребоваться дополнительная манипуляция через уже существующий ход в полостную систему почки на второй-третий день после операции (так называемый second-look).